Titelaufnahme

Titel
In silico Fragmentierung für die computergestützte Auswertung von Tandem-Massenspektrometrie Daten / von Sebastian Wolf
VerfasserWolf, Sebastian
BetreuerMüller-Hannemann, Matthias Prof. Dr. ; Kohlbacher, Oliver Prof. Dr.
Erschienen2012 ; Halle, Saale : Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt, 2012
UmfangOnline-Ressource (133 Bl. = 5,73 mb) : graph. Darst.
HochschulschriftHalle, Univ., Naturwissenschaftliche Fakultät III, Diss., 2012
Anmerkung
Tag der Verteidigung: 01.06.2012
Sprache der Zusammenfassung: Englisch
SpracheDeutsch
DokumenttypE-Book
SchlagwörterSoftwareentwicklung / Datenauswertung / Halle
URNurn:nbn:de:gbv:3:4-8738 
Zugriffsbeschränkung
 Das Dokument ist frei verfügbar.
Dateien
In silico Fragmentierung für die computergestützte Auswertung von Tandem-Massenspektrometrie Daten [5.72 mb]
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Nachweis
Keywords
MetFrag; Massenspektrometrie; Tandem-Massenspektrometrie; MassStruct; Metabolomik; Fragmentierungsalgorithmus
Keywords (Englisch)
MetFrag; mass spectrometry; tandem mass spectrometry; MassStruct; Metabolomics; fragmentation algorithm
Keywords
In der Massenspektrometrie ist die Identifizierung unbekannter Substanzen besonders zeitaufwendig. Die Tandem-Massenspektrometrie misst Fragmentionen aber Spektrendatenbanken decken nur einen kleinen Teil der Verbindungen ab. Auf der anderen Seite enthalten Strukturdatenbanken wie PubChem viel mehr Verbindungen die benutzt werden können um deren in silico Fragmentierung mit dem Spektrum des unbekannten Metaboliten zu Vergleichen. Die entwickelte Software MetFrag sucht in einer Strukturdatenbank entsprechend der Masse des Vorläuferions und sortiert diese nach der Übereinstimmung mit dem gemessenen Spektrum. Im Vergleich mit MassFrontier 4 schneidet MetFrag besser ab. Besonders große Strukturdatenbanken enthalten viele sehr ähnliche Strukturen weshalb ein Clustering zur Vermeidung von Redundanzen durchgeführt wird wobei MassStruct außerdem eine Vorsortierung der Kandidaten ermöglicht.
Keywords
With mass spectrometry the identification of unknown compounds is the main bottleneck. Tandem MS spectra measures fragment ions but the coverage of spectral libraries of measured reference compounds are far from covering the complete chemical space. Compound libraries such as PubChem describe a larger number of compounds which can be used to compare their in silico fragmentation with spectra of unknown metabolites. The developed software MetFrag obtains a candidate list from compound libraries based on the precursor mass subsequently ranked by the agreement between measured and in silico fragments. Compared to a previously published study MetFrag obtained better results than the MassFrontier 4. Especially for large compound libraries the candidates with a good score show a high structural similarity a subsequent clustering based on chemical distances reduces this redundancy and MassStruct allows the preordering of candidate compounds already in the database.