Titelaufnahme

Titel
Study of small non-coding RNAs in plants by developing novel pipelines / vorgelegt von Deblina Patra Bhattacharya
VerfasserPatra Bhattacharya, Deblina
GutachterGroße, Ivo ; Stadler, Peter F. ; Hofacker, Ivo
KörperschaftMartin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
ErschienenHalle, 2017
Umfang1 Online-Ressource (125 Seiten)
HochschulschriftMartin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Dissertation, 2017
Anmerkung
Tag der Verteidigung: 27.04.2017
SpracheEnglisch
DokumenttypE-Book
SchlagwörterPflanzen / Phylogenie / RNS / Non-coding RNA
URNurn:nbn:de:gbv:3:4-19999 
Zugriffsbeschränkung
 Das Dokument ist frei verfügbar.
Dateien
Study of small non-coding RNAs in plants by developing novel pipelines [8.22 mb]
Links
Nachweis
Keywords
Pflanzenphylogenie; Pflanze sncRNAs; RNA-seq; miRNAs; snoRNAs; snoRNA evolution; snoRNA cluster
Keywords (Englisch)
Plant phylogeny; Plant sncRNAs; RNA-seq; miRNAs; snoRNAs; snoRNA evolution; snoRNA cluster
Keywords
Aufgrund der moderaten Größe von kleinen RNA-seq-Datasets wird der Webserver plantDARIO eingeführt um eine umfassende Analyse für small non-coding RNAs (sncRNAs) zu ermöglichen die wesentliche Änderungen zur pflanzenspezifischen sncRNA-Verarbeitung beinhalten. Während der Analyse werden kleine nukleolare RNAs (snoRNAs) als die ältesten sowie konservierten Familien unter nicht-Protein-kodierenden RNAs gefunden. Daher wird ein anspruchsvoller Ansatz angewandt um die phylogenetische Verteilung einzelner snoRNA-Familien in Pflanzen darzustellen und 296 Familien von snoRNAs in 24 Arten werden identifiziert um ihre Evolution im gesamten Pflanzenreich zu verfolgen. Um neben neuartige snoRNAs und deren Erhaltung zu finden werden der plantDARIO Webserver und der anspruchsvolle Ansatz gemeinsam umgesetzt. Als Ergebnis werden 11 neuartige snoRNA-Familien in 9 Kasten-C/D-SnoRNA-Familien und 2 Kasten-H/ACA-SnoRNA-Familien zusammen mit ihren Zielen identifiziert.
Keywords
Due to the moderate size of small RNA-seq datasets webserver plantDARIO is introduced in order to provide comprehensive analysis for plant small non-coding RNAs (sncRNAs) which includes major modifications to cope with plant-specific sncRNA processing. During analysis small nucleolar RNAs(snoRNAs) are found to be the most ancient as well as conserved families amongst non-protein coding RNAs. Hence a sophisticated approach is applied to chart the phylogenetic distribution of individual snoRNA families in plants and 296 families of snoRNAs in 24 species are identified tracing their evolution throughout the plant kingdom. Moreover to find novel snoRNAs and their conservation plantDARIO webserver and the sophisticated approach are implemented together. As a result 11 novel snoRNA families are identified classified into 9 box C/D snoRNA families and 2 box H/ACA snoRNA families along with their targets.