Ergebnisse phylogenetischer Untersuchungen und vergleichender Kartierungen führten zu der Hypothese, dass der Karyotyp von Arabidopsis thaliana (n = 5) von einem ancestralen Karyotyp mit 8 Chromosomenpaaren abgeleitet ist. Diese Hypothese wurde mittels Chromosomen-Painting überprüft. Als Hybridisierungsproben wurden genomische BAC-DANN-Klone von A. thaliana genutzt, die entsprechend den genetischen Kopplungsgruppen von A. lyrata bzw. Capsella rubella (beide n=8) geordnet und gepoolt eingesetzt wurden. Dies ermöglichte es einen ancestralen Karyotyp (n=8) zu definieren und die Mechanismen aufzuklären, die zur Entstehung des Karyotyps von A. thaliana führten. Demnach führte die Reduktion der Chromosomenzahl von 8 auf 5 Paare über folgende Schritte: (i) die Entstehung von akrozentrischen Chromosomen durch perizentrische Inversionen, (ii) reziproke Translokationen mit terminalen Bruchpunkten an denen mindestens ein akrozentrisches Chromosom beteiligt ist und (iii) Eliminierung eines Minichromosomes, das zusätzlich zu dem "Fusions"-Chromosom aus der jeweiligen Translokation hervorging. Weiterhin wurden die Konsequenzen der karyotypischen Unterschiede zwischen A. thaliana und A. lyrata hinsichtlich der Interphasearchitektur in den Zellkernen beider Arten untersucht. Die räumliche Anordnung der Chromosomenterritorien, die Paarung zwischen homologen Chromosomen(-regionen) und die Anordnung der Schwesterchromatiden zueinander erwiesen sich als über ~5 Millionen Jahre hinweg ähnlich zwischen beiden Arten, trotz der Differenz in Chromosomenzahl, -form und Genomgröße. Vergleiche mit der jeweiligen Situation bei Wirbeltieren und bei Drosophila lassen vermuten, dass phylogenetische Nähe von größerer Bedeutung für die Interphasekernarchitektur ist, als es Genomgröße, Sequenzorganisation und/oder die Chromosomenzahl sind. Um Probenmaterial für die umfangreichen Hybridisierungsexperimente ökonomisch gewinnen zu können, wurde die Zeit- und Material-sparende "Rolling circle"-Amplifikation erfolgreich für die Vervielfältigung und Markierung von zirkulären BAC-DNA-Molekülen (einzeln und als Pools) adaptiert.
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