Im Vergleich zu Hefe und tierischen Modellsystemen steht die Untersuchung von Kaskaden der MAP-Kinasen und den dazugehörenden Regulationsmechanismen in Pflanzen noch am Anfang. Da auch Protein-Protein-Interaktionen als molekulare Basis der Regulation von MAPK-Kaskaden dienen, war es das Ziel der vorliegenden Arbeit, MAPK-Proteinkomplexe aus Arabidopsis thaliana mittels Tandemaffinitätsreinigung zu isolieren. Zuerst wurde die Möglichkeit für einen immunologischen Nachweis der MAPK3 und 6 aus Arabidopsis thaliana geschaffen. Zudem konnten mittels Ausschlusschromatographie Hinweise über die Anwesenheit von AtMPK3 und 6 in Proteinkomplexen erbracht werden. Die Optimierung der Aufreinigung von AtMPK3-TAP gestaltete sich schwierig. So war die Anreicherung von markierter AtMPK3 deutlich geringer als die Anreicherung des TAPmarkierten Transkriptionsfaktors AtTGA2. Mit Hilfe verschiedener Experimente konnte nicht geklärt werden, ob der große Verlust an AtMPK3-Protein auf eine Adsorption an die verwendeten Materialien und/oder auf eine Proteolyse zurückzuführen war. Erste Versuche, durch eine einstufige Affinitätsreinigung die Effizienz der Anreicherung von AtMPK3 zu verbessern und damit die Chancen für eine Identifizierung von eventuell mit AtMPK3 assoziierten Proteinen zu erhöhen, schlugen fehl. Obwohl die Eluate nach der zweistufigen Affinitätschromatographie noch komplexe Proteinmischungen darstellten, waren nach der Auftrennung im denaturierenden Gradientengel und der Silberfärbung der Proteine Unterschiede in der Zusammensetzung der Proteinproben nachweisbar. In einem Fall ließen sich im Anschluss an die MALDI-TOF MS-Analyse und die Datenbanksuche mit MASCOT mehrere der identifizierten Peptide der Sequenz von AtMPK3 zuordnen. Somit gelang zwar der massenspektrometrische Nachweis eines niedrig abundanten Proteins wie AtMPK3 in einer aus Blattmaterial erhaltenen Probe, jedoch nicht die Isolierung und Identifizierung von putativ mit AtMPK3 interagierenden Proteinen. Es bleibt zu klären, ob mit anderen Techniken der Proteomik nach einer affinitätschromatographischen Reinigung von AtMPK3 putative Interaktoren nachweisbar sind.
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