Titelaufnahme

Titel
Methoden und Algorithmen für die Systems Biology Graphical Notation / von Tobias Czauderna
VerfasserCzauderna, Tobias
BetreuerSchreiber, Falk Prof. Dr. ; Kummer, Ursula Prof. Dr.
Erschienen2015 ; Halle, Saale : Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt, 2015
UmfangOnline-Ressource (176 Bl. = mb)
HochschulschriftHalle, Univ., Naturwissenschaftliche Fakultät III, Diss., 2015
Anmerkung
Tag der Verteidigung: 12.01.2015
Sprache der Zusammenfassung: Englisch
SpracheDeutsch
DokumenttypE-Book
SchlagwörterSystembiologie / Visualisierung / Netzwerk / Halle
URNurn:nbn:de:gbv:3:4-13937 
Zugriffsbeschränkung
 Das Dokument ist frei verfügbar.
Dateien
Methoden und Algorithmen für die Systems Biology Graphical Notation [18.37 mb]
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Nachweis
Keywords
SBGN; Systembiologie; Visualisierung; Netzwerk; Übersetzung; Umwandlung; Layout; Bricks; SBGN-ML
Keywords (Englisch)
SBGN; systems biology; visualisation; network; translation; conversion; layout; Bricks; SBGN-ML
Keywords
Die Systems Biology Graphical Notation (SBGN) ist ein Standard für die visuelle Darstellung von Prozessen und Netzwerken in der Systembiologie. Drei SBGN-Sprachen (PD ER und AF) ermöglichen es verschiedene Aspekte biologischer Systeme in unterschiedlichen Detailstufen als SBGN-Karten darzustellen. In dieser Dissertation werden Methoden und Algorithmen zur Unterstützung der Arbeit mit SBGN-Karten beschrieben. Dabei werden Aspekte wie die Übersetzung von Stoffwechselweg-Karten der KEGG-Datenbank in SBGN PD-Karten einschließlich automatischen Layouts und die Umwandlung von SBGN PD-Karten in SBGN AF-Karten besprochen. Zusätzlich wird das Konzept der SBGN Bricks wiederverwendbarer Module die spezifische biologische Prozesse repräsentieren vorgestellt. Die aufgeführten Methoden und Algorithmen sowie weitere Methoden zur Arbeit mit SBGN-Karten wurden in der Software SBGN-ED implementiert. Anhand einiger Beispiele wird die Anwendung der entwickelten Methoden und Algorithmen dargestellt.
Keywords
The Systems Biology Graphical Notation (SBGN) is a standard for the visual representation of processes and networks in systems biology. Three SBGN languages (PD ER and AF) allow for the representation of different aspects of biological systems at different levels of detail as SBGN maps. This PhD thesis describes methods and algorithms supporting the use of SBGN maps. In particular it discusses problems such as the translation of pathway maps from the KEGG database into SBGN PD maps including automatic layout and the conversion of SBGN PD maps into SBGN AF maps. In addition the concept of the SBGN Bricks reusable modules which represent specific biological processes is presented. The methods and algorithms given above as well as other techniques for creating and editing of SBGN maps have been implemented in the software SBGN-ED. Examples are presented showing the application of the developed methods and algorithms.