Titelaufnahme

Titel
Untersuchungen zur sX13-abhängigen post-transkriptionellen Regulation und Identifikation bisher unbekannter Proteine von Xanthomonas campestris pv. vesicatoria mittels Proteogenomik / vorgelegt von Ulrike Abendroth
VerfasserAbendroth, Ulrike
GutachterBonas, U.
BeteiligtSawers, G. [GutachterIn] ; Wilde, A. [GutachterIn]
KörperschaftMartin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
ErschienenHalle, 2016
Umfang1 Online-Ressource (177 Seiten)
HochschulschriftMartin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Dissertation, 2016
Anmerkung
Tag der Verteidigung: 01.04.2016
SpracheDeutsch
DokumenttypE-Book
URNurn:nbn:de:gbv:3:4-19337 
Zugriffsbeschränkung
 Das Dokument ist frei verfügbar.
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Untersuchungen zur sX13-abhängigen post-transkriptionellen Regulation und Identifikation bisher unbekannter Proteine von Xanthomonas campestris pv. vesicatoria mittels Proteogenomik [6.78 mb]
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Nachweis
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Keywords
Xanthomonas; bakterielle Fleckenkrankheit; sRNAs; sX13; Proteom; Typ IV-Pili; Proteogenomik; Reannotation; Hfq; CsrA
Keywords (Englisch)
Xanthomonas; bacterial spot disease; sRNAs; sX13; proteome; type IV-pili; proteogenomic; reannotation; Hfq; CsrA
Keywords
Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (Xcv) ist der Erreger der bakteriellen Fleckenkrankheit auf Paprika und Tomaten. sRNAs sind kleine regulatorische RNAs die bspw. die Translation oder Stabilität von Ziel-mRNAs modulieren. In dieser Arbeit wurde u. a. die sRNA sX13 charakterisiert deren Sekundärstruktur sowie funktionelle Bereiche experimentell ermittelt wurden. Eine vergleichende Proteomanalyse zeigte dass sX13 die Akkumulation von 142 Proteinen reguliert. Die Funktionen regulierter Proteine waren sehr divers (z. B. Adaptation an Umweltbedingungen und Typ IV-Pilusproteine) und nur selten direkt Virulenz-assoziiert. Infektionsexperimente zeigten dass sX13 nicht generell zur Virulenz von Xcv beiträgt. Unter Verwendung eines proteogenomischen Experiments wurde weiterhin das Xcv-Genom reannotiert. 126.995 Peptide wurden 2.581 Genen zugeordnet (Genom-Abdeckung ca. 55%). 51 proteinkodierende Gene wurden reannotiert und 29 neue identifiziert.
Keywords
Xanthomonas campestris pv. vesciatoria (Xcv) is the causal agent of the bacterial spot disease on pepper and tomato. sRNAs are small regulatory RNAs which may influence target-mRNAs stability or translation. In the present study the sRNA sX13 was characterized i.a. secondary structure and functional domains were analyzed.. A comparative proteome study showed that accumulation of 142 proteins was regulated by sX13. The regulated proteins had very diverse functions e. g. adaptation to various environmental conditions and type IV-pilus synthesis and only rarely virulence associated. In the second part a proteogenomic approach for the refinement of the Xcv genome was performed. 126 995 peptides were mapped onto 2 581 protein-coding genes with 55% coverage leading to re-annotation of 51 coding sequences and identification of 29 novel genes.