B Chromosomen (Bs) sind überzählige Elemente, welche nicht mit den Autosomen in der Meiose paaren. Sie vererben sich nicht nach den Mendelschen Regeln und haben ihre eigene evolutionäre Entwicklung. Ein spezifisches Merkmal der Roggen Bs ist, dass sich ihre Schwesterchromatiden in der ersten Pollenkornmitose sowie ersten Eizellmitose nicht teilen. Genetisch betrachtet gelten B Chromosomen generell als funktionslos. Mit Hilfe der cDNA-AFLP-Methode konnten Transkripte, größtenteils Transposons, nachgewiesen werden, welche eine hohe Ähnlichkeit zu Sequenzen zeigten, die auf A Chromosomen liegen. Von mehr als 60 Primer-Kombinationen, welche für die cDNA-AFLP-Methode genutzt wurden, konnten 9 potentielle B-spezifische Transkripte mit schwacher Transkriptionsaktivität auf B Chromosomen nachgewiesen werden. Der heterochromatische, subtelomerische Bereich des Roggen B Chromosoms ist durch eine hohe Konzentration von spezifischen repetetiven Sequenzen gekennzeichnet. Die repetetiven Sequenzen D1100 und E3900 interkalieren mit degenerierten transposablen Elementen. B Chromosomen mit fehlendem subtelomerischen Bereich, zeigen in der ersten Mitose nach der Meiose eine normale Teilung der Schwesterchromatiden. Northern-Hybridisierung und RT-PCR zeigen, dass beide B-spezifische Sequenzen in Wurzeln, Blättern und Antheren transkribiert werden. Der höchste Transkriptionsgrad wurde in meiotischem Gewebe beobachtet. Das Fehlen eines offenen Leserahmens und die unterschiedliche Größe der Transkripte deuten darauf hin, dass die Transkripte der Sequenzen D1100 und E3900 nicht kodierende RNA repräsentieren und wahrscheinlich strukturelle und/oder regulatorische Funktionen ausüben.
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